1934年8月5日傅斯年在《大公报》言论栏目“星期论文”上发表一篇评论《所谓国医》，一石激起千层浪，引发了一场激烈的国医（即中医）与西医的辩护者之间的论战。这场论战可以看作科玄论战在医学领域的拓展。傅斯年当然是一个大名鼎鼎的人物，他是“史学大家，也是一流的学术组织家，海峡两岸顶尖的学术机构，从中央研究院到北京大学、台湾大学，能有今日之辉煌，都有他当年的一份功劳。除此之外，傅斯年还是一个自由主义的知识分子”。
傅斯年确实是如论者所言的一代豪杰“傅大炮”，“童言无忌，心直口快”，他一开篇就痛心疾首地说：
中国现在最可耻最可恨最可使人短气的事，不是匪患，不是外患，而应是所谓西医中医之争。……只有中医西医之争，真把中国人的劣根性暴露得无所不至！以开了四十年学校的结果，中医还成问题！受了新式的教育的人，还在那里听中医的五行六气等等胡说！自命为提倡近代化的人，还在那里以政治的或社会的力量作中医的护法者！这岂不是明显表示中国人的脑筋仿佛根本有问题？对于自己的身体与性命，还没有明了的见解与信心，何况其他。对于关系国民生命的大问题还在那里妄逞意气，不分是非，何况其他。对于极容易分辨的科学常识还在混沌的状态中，何况较复杂的事。到今天还在那里争着中医西医，岂不是使全世界人觉得中国人另是人类之一种，办了四十年的学校不能脱离这个中世纪的阶段，岂不使人觉得教育的前途仍在枉然！
在这段话里，傅斯年一副恨铁不成钢的语气，把中医、西医的论争归咎于教育的失败，而教育在他的潜意识里当然是现代化的教育，也就是欧美所代表的以现代科学为基准的教育。在他看来，这种教育才代表了正确的方向，也才是改变中国积贫积弱的唯一途径。而中医、西医的争论就说明了这种科学常识教育在当时的中国并没有取得实效。所以，一个医学上的论争在傅斯年的思想世界就决不仅仅是一个“技术的问题”，而是一个“文化的问题”，甚至是“国格的问题”。科学潮流，浩浩荡荡，顺之者昌，逆之者亡，在这种欧美中心主义的科学观的视野里，中医是与古来的衰朽的中国文化牵扯在一起的，自然是迷信的、愚昧的、祸害黎民的“巫术”，是无稽之谈和装神弄鬼，“科学”给了傅充足的底气。
傅斯年接着把中国人到了科学昌明的二十世纪还迷信中医的原因归结为三点：“最可恕的是爱国心，可惜用的地方是大错了。”因为“所谓中医，并非纯粹的汉土产品，这类的方技在唐时颇受印度及中亚的影响，在宋元更受阿拉伯人的影响。中医本来既无病理，又缺诊断，无非是一部‘经验良方’”。第二个原因在他看来是因为“头脑不清楚，对于一切东西皆不深信，也皆不不信，人云亦云，生病请医全是试试看，恰如乡下老太婆生了病时拜一切神佛一般。这全是以做梦的状态对付死生的大事”。第三个原因则是“教育不好的结果，中国的教育中没有给人安置一个坚实的科学常识训练，故受此教育者后来糊涂如此”。可见，在他看来，中医、西医论争的存在仅仅是说明了科学教育的失败，是知识分子的耻辱和失责，反映了国民狭隘的民族主义情绪和“庸众”的无可无不可的社会心理。这自然是受“五四”新文化运动洗礼的闯将傅斯年的“合理逻辑”。于是，中医的沉渣泛起和甚嚣尘上就不仅仅是医学领域的内部争论，而是折射了“五四”以来的启蒙运动的某种失败，至少是在社会层面的“失效”。傅的这种言辞激烈的批评有着切肤之痛的历史感和现实感。
正是对启蒙运动局限于上层和精英阶层的反思，傅斯年在接着的评论中建议政府介入医疗卫生的社会改革，他的思维方式从“形而上”自然地发生了“形而下”的位移。这是他精神品质中最可贵的地方。从政府管理的角度，他提出了六个方面，即：
第一，应该多设几个训练在内地服务医生之学校。第二，内地之需要公共卫生比需要医士还迫切。第三，要多多地训练内地服务之看护。第四，最多用的医药品应该由政府自己设厂制造，或促成中国工业家之制造。第五，政府应该充分的推广生产节制。第六，政府应大量的奖励在中国的近代医学。
在傅斯年所设想的政府这一系列的努力中，中医是没有什么地位的，仅仅是因为内地还没有足够的医生，所以应取“逐步废止之政策”，而不是立即废止。至于中医药的研究，不是近于巫师的中医的事情，而是“有训练有学问的近代药学专家的事”。在文章的结尾，傅斯年还从私人生活的角度表态，以鼓励人们选择西医：“我是宁死不请教中医的，因为我觉得若不如此便对不住我所受的教育。盼望一切不甘居混沌的人，在这个地方不取模棱的态度。”
这篇文章引起了中医学界乃至拥护中医的读者的强烈反映。在紧接着的1934年8月13日，一个署名赵寒松的作者在《大公报》发表《评傅孟真〈所谓国医〉》。赵寒松的文章首先指出傅斯年鼓吹政府“消灭”中医是“越界”发表意见，在他看来作为历史学家的傅斯年根本就没有资格以外行的身份来谈论精深的“中医学”，“因为这种专门问题，仅凭肤浅的常识，尚且不能解答，若并肤浅的常识尚还缺乏，那便根本无发言的资格，无发言的资格而任意发言，仅凭个人简单的直觉，发为一篇感情用事王婆骂街的论调，那更非号称学者应有的态度了”。接着他从中医的角度详细地分析了致病的“六气说”，认为并不仅仅是病菌才引发疾病，内外因的“风、寒、暑、湿、燥、火”都可能引起人体的功能失调。他在文章的最后为中医存在的合理性辩护道：“傅君对于中医似乎非常痛恨，主张实行逐步废止政策，并加上许多胡闹胡说等侮辱中医的字句，殊不知中医的巍然存在，自有他颠扑不破的经验与学理、真实的效用与价值，要是不然，也用不着傅君的反对与谩骂，早就不能立足了，傅君于此，不加考虑、随便颟顸武断，信口开河，不但失言，而且失态。”赵寒松对傅斯年等留学过的学者言必称欧洲、美国也表达了其不可遏止的反感：“大概傅君所受的教育，都是美国式的教育，除了脸上的黄色和五官百骸的外表，虽是穿上洋服仍不能改变其为中国人外，其余的思想生活习惯，都已经全部与美国人同化了，假如中国人个个都学傅君一样，恐怕中国立国的精神马上就要根本动摇，中国全国恐怕就要由门户开放机会均等主义更进一步地变为纯粹美国的殖民地了。”这里除了对傅斯年的人身攻击可以搁置不论外，其所流露的文化保守主义思想倒是现代中国一直庚续的思潮。
8月18日，一个署名叫陈泽东的人代表天津中医公会在《大公报》发表驳斥傅的文章《论傅孟真侮辱国医文》，这篇文章相对于赵寒松试图调和中、西医的改良论，显得更为保守与正统。如果说赵寒松的反驳是试图通过对六气的描述来架构一个关于中医理论的“科学体系”，以与西医的“科学逻辑”接榫的话，那么陈泽东的驳斥则显得更为彻底和“玄学”。他从神农尝百草说起，将中医的“历史与实践”描绘得莫测高深，他抬出黄帝之师歧伯辩白道：“精于变理阴阳之术，是哲学之极顶也，五运六气之法，即其所创者，系分配天地阴阳气化之法也，五运主天气而下降，六气主地气而上升，阴阳气化相合，得其平，则生万物而无病，阴阳气化不相合，即不得其平，则害万物而有病。”这一套玄之又玄的话语更像阴阳家的话语，而不是医学的语言，所以这种辩白在傅斯年看来是极其可笑的。这里赵氏与陈氏的辩白揭示了中医面对挟科学之威势的西医的冲击时两种回应的思路，前者似乎近于晚清以来的“中体西用”观，但一方面历史已证明了其内在的保守性根本无法抵御列强的侵略，另一方面，器用与质体并不是可以截然区分的，器用的普及无疑将逐渐地改变质体，因此，沿着赵氏的思路，作为中国文化遗产的中医注定是要衰落的。而陈氏则抱持一种强硬的“坚壁清野”的拒斥态度，认为中医自身是完美无缺逻辑自洽的，它有着中国几千年的文化、哲学与思想作支撑，因此它并不需要改良，至少并不需要西医的“科学体系”来改塑它自身的“逻辑结构”，传统的精义已经在中医几千年的伟大历史实践中得到说明，无须西医或傅斯年之类学者置喙。所以，这个论题的性质其实并不是仅仅局限于中西医之争，而是不可避免地回到了那个古老的命题：中国文化如何实现其创造性的转化以与现代性接榫。
面对这两个中医拥趸咄咄逼人的言论，傅斯年并没有改变其立场，而是继续坚定地站在西医所代表的“科学”一方。由于《大公报》“星期论文”是实行轮流写稿制度，下次轮到他做已是十周之后，因此傅便在其作为编务人员的著名杂志《独立评论》上作了答复，这场关于中西医孰优孰劣的没有硝烟的战争自然也就移植到了《独立评论》上了。傅在回复的文章《再论所谓国医（上）》中全面地置疑了中医所谓的“病理诊断”能力和可信度，认为建构近代医学的四大柱石“解剖学、生理学、微菌学、实验药物学”都是科学的知识，而这些中医是根本没有的。傅斯年从各个层面论证了中医与近代科学、近代教育不相合的“历史事实”，实质也就是与现代历史的展开方向不相合。言下之意，中医是反科学的野蛮民族的迷信和巫术。对于陈泽东的辩护，傅斯年认为该文是“赤裸裸的表演‘国粹’，毫不剽窃他所不懂得的近代医学名词，还不失自成一派，大凡以魔术为魔术之护法，以神秘论为神秘论之护法，以巫卫巫，可成一种‘周始圈’，自己快乐于其中，若以逻辑卫护神秘则授人以柄多矣”。他吁请“政府与社会上人士想想，是否可把人民的生命交付在此等人手中，此等理论表演是否即是我主张废中医的强固证明？”对于赵寒松的改良论调，傅斯年如此质问到：“敢问赵君，改良的中医是否预备全部的接受近代解剖学、生理学、微菌学？若然，中医之为中医还有几何？若不预备全部接受，而只在那里剽窃几个名词，这些系统科学中的名词如何在国医系统中与其他名词与‘哲理’合作？或者中医本不嫌‘一束矛盾’，如道士之仿造一切教的经典一般。若果然，中医之为物更不必谈了。”
傅斯年显然还意犹未尽，他在《独立评论》第一一八号继续坚持中西医之间不可调和、折中的观点，旗帜鲜明地反对“假惺惺”的“援西入中”。他坦言到：
西医之进步，到了现在，是系统的知识，不是零碎不相干的东西。他的病理诊断与治疗是一贯的。若接受，只得全接受。若随便剽窃几件事，事情更糟。……敢问主张中医改良论者，对于中医的传统观念，如支离怪诞的脉气论，及阴阳六气之论，是不是准备放弃？对于近代医学之生理、病理、微菌各学问，是不是准备接受？这两个系统本是不相容的，既接受一面，自必放弃一面。若不接受近代的生理学、病理学、微菌学，只是口袋中怀着几个金鸡纳、阿司匹灵药饼，算什么改良的中医？若接受了这些科学，则国粹的脉论六气论又将如何安排？中医之为中医又在哪里？
接下来的辩论仍旧没有跳出改良论这个“无物之阵”，第一二零号的《独立评论》刊登了一个署名“志云”的读者来稿，他的文章指出，陈泽东之流本是食古不化的盲从者，根本没有辨别是非的能力，也代表不了国医的全体，国医自有他的价值在，非陈泽东之流可以理解的。他指出既然傅斯年已经承认中医不过是“经验良方“，既然是良方而且是通过经验得出的，自然就说明了它存在的价值，就值得学者去做认真的研究，而不是通过政府用粗暴的方式废止。最后，他提出中西医之间应该互通有无、扬长避短而共同进步。傅斯年在这篇文章后面撰文直接回答了作者，首先他承认自己是措辞不当，中医不是“经验良方”，而仅仅是“方剂”。针对志云认为他没有资格来谈论这种纯技术的西学问题，他首先陈述了自己留学国外研习生理学的经历，并措辞强硬地反驳到：“殊不知‘国医’并非‘纯技术的问题’。近代医学是科学，凡受过一番不虚假的科学训练的人，都有维护、支持、发挥近代医学的立场之资格，中医是不曾有益的受过近代科学训练的，故没有讨论近代科学或这样‘纯技术问题’的资格。”
而对另一读者、研究实验语音学的学者刘学濬的争论文章《我对于西医及所谓国医的见解》（见《独立评论》第一二一号），傅斯年也一样不留情面地予以批驳。刘的这篇文章与前述的论理性的文章不同，他仅仅是根据实际生活中的事例来说明中医在某些情况下能够发挥西医所不及的功用。他举了自己的一个三岁多的小孩患痢疾被西医所耽误、几乎致死，最后通过中医才获救，而其孩子的玩伴一样地患痢疾找了最好的西医结果被治死了。所以他认为“中医的缺点及特点就是只知其然而不知其所以然，不问细胞起了变化才发生疾病，只问所生的是什么病。知道了病就按病去治。所用的药及药方都是经验良方。”傅斯年在文后的“附答”中倒是从西学与经验的角度提出了一个很重要的反击理由：
凡是经验，一个人的不尽可靠的，要靠有资格的众人；一生是有限的，要靠累世遗留下来。不幸我们的国医动辄曰秘方，此言若是谎话，更不必论；如假定他真有一个不示人的方剂，则试问方既秘矣，如何可以众人之经验断定其良否。……中国文化中有一件最不幸的事实，医学也不是例外者，即是中国文化中若干事缺少继续性。以学问论，人存学举，人亡学息，古往今来，每有绝学之叹，不像欧洲，能以学院教会、或学会之建制继续推衍的。以方技论，更不必说，百科杂样，每经乱事而失传。
傅斯年所说的这个方面诚然是中医的一大弊端，即祖传秘方或传男不传女的方式限制了其存续和厚生利用。在傅看来，这个姓刘的学者所举的例子根本不足为训，因为中医误死人的事例更多，从统计学的意义上他“科学”地认为西医优越于中医的效果。
科学主义思想方式在傅的思想世界和行为世界里是根深蒂固的，甚至在某种意义上都变形成科学拜物教式的唯科学主义了。傅斯年研究专家焦润明指出：“他在当时理解的科学知识检讨了中国传统的学术，评价中国传统学术缺少怀疑精神和批判创新传统，不分学科而分宗派，缺乏个性以及与时代共进的同步意识，缺少科学精神，等等。因此，他主张将西方的科学思想和科学方法引入中国学术界，建立以人的创造性为本的学科体系，进行分科的精确性研究。”因此，在这场中西医的争论中，傅斯年是如此坚定地固守科学第一位的原则，从各个层面耐心细致地与中医的拥护者们辩论，力图让在他看来处于蒙昧中的国人体察到“科学真理的光泽”和中医玄学的“虚妄与可笑”，当然，这在他的心目中决不仅仅是一场中医西医之间的技术（工具理性）上的角逐，更多地象征了中西文化或者可以说传统文化与现代文明的较量。作为一个进化论者和科学主义者，傅的学识、信仰与气质决定了他在反抗中医拒绝调和中西医的时候是不会有任何迟疑的。
七十多年过去了，历史好像走了一圈又重新回到了起点，曾经的争论仅仅沦落为故纸堆里烟尘弥漫的发黄的纸片，当年针锋相对的辩论似乎消失得无影无踪，就好像从来没有发生过一样。今天，我们又重新开始探讨中医药的改革与出路了，当然，历史似乎停滞的同时其实暗潮涌动，至少对于今天关心中医药出路的学者来说，已经不需要像1934年的傅斯年那么“偏激和决绝”了。在当时国衰民弱列强环伺的历史情景中，西医更多的是与强大的“科学、西方、现代化”等符号联系在一起的，而科学与现代化在当时的知识分子心目中代表了中国唯一的努力方向，因此他才会这么痛心疾首地憎恨中医。到了今天，我们已经多了一份从容与宽容，甚至，我们似乎是在中国和平崛起的世界图景里，通过对中医药的出路的探讨来重新找到源自我们自身文化传统的精神养分，寻找一种独特的中国式的现代性话语体系与文化价值，这自然也暗示了身处全球化之中的中国人的一种自我反思和自我认同。也许这是七十年前后同样的中西医讨论背后最大的区别吧。